Toutes les méthodes ne respectent pas à l'identique les principes fondamentaux Agiles. Par exemple : les pratiques de Scrum sont essentiellement orientés sur la maîtrise d’une livraison d’incréments (sprint) mais réfutent la possibilité de modifier les fonctionnalités en cours de réalisation (backlog de sprint), interdisant donc la mise en œuvre d’une conception émergente. Scrum, ne disposant pas de métrique de gestion du changement à ce niveau, nécessite donc une importante spécification préalable à la mise en production (backlog produit) et, du fait de cette prédictibilité imposée, ne peut pas être considéré comme réellement itératif, donc adaptatif. De même, lors de projets complexes, il est nécessaire d'ajouter à eXtrême Programming les pratiques de structuration des exigences qui lui font défaut.